Hauptmann ist in Köln geboren. Sein Vater Ralf, der zuvor zwischen 1987 und 1993 bei den Dynamos spielte, absolvierte von 1993 bis 2001 insgesamt 179 Einsätze (9 Tore) für die Domstädter. Niklas Hauptmann brachte es in der abgelaufenen Spielzeit für Dynamo auf 26 Pflichtspiel-Einsätze.

"Ich bin hier geboren und mit dem Verein aufgewachsen. Deshalb weiß ich ganz genau, was es bedeutet, für den FC zu spielen", sagte Hauptmann: "Der Wechsel hierhin ist für mich der nächste und richtige Schritt." Der 21-Jährige konnte laut Medienberichten Dresden trotz eines bis Juni 2020 datierten Vertrags dank einer Ausstiegsklausel in Höhe von rund 1,7 Millionen Euro verlassen.