Die Bauarbeiten für die Zubringerstrecke zum Flughafen Köln-Bonn starten laut aktueller Planung der Bahn Anfang 2017 und werden voraussichtlich im Jahr 2028 abgeschlossen. Die vorhandene Bahntrasse wird um ein bis zwei Gleise erweitert, damit künftig die Personen- und Güterzüge auf getrennten Gleisbetten fahren können.

Auf 15,5 Kilometern werden Lärmschutzwände errichtet. Wo das nicht ausreicht, um unter der gesetzlich limitierten Lärmbelastung von 59 Dezibel am Tag und 49 Dezibel in der Nacht zu bleiben, sind passive Lärmschutzmaßnahmen wie Doppelglasfenster zwingend.

Die Planungsphase für die S13 hatte gut zehn Jahre gedauert. Die Umsetzung ist auf zwölf Jahre angesetzt. Neben der besseren Anbindung des Flughafens soll die Strecke den Nahverkehr zwischen Bonn und Köln insgesamt aufwerten. Zwischen Troisdorf und Beueler Bahnhof starten die Arbeiten in anderthalb Jahren. Fünf Jahre später folgt das Terrain zwischen Limperich und Oberkassel.

Die größte Baustelle entsteht in Vilich. Dort wird neben der B56 der neue Kreuzungsbahnhof für S13 und Linie 66 entstehen. Dafür wird die Trasse dort auf einem Kilometer um 1,50 Meter abgesenkt.

Die Bahnquerung Gartenstraße wird für Autos geschlossen und statt dessen über eine Unterführung an der Gerhardstraße ermöglicht. Ebenfalls größere Bauarbeiten sind für den Beueler Bahnhof, den Haltepunkt Friedrich-Wilhelms-Hütte und den Bahnhof Oberkassel vorgesehen. Außerdem gibt es für die Mitarbeiter der Telekom einen neuen Haltepunkt in Ramersdorf.