Die Ganztagsschule versteht sich als "Schule für alle", in der Kinder mit Haupt- und Realschulempfehlung gemeinsam und nach ihrem individuellen Lerntempo arbeiten können. Darüber hinaus wird in zwei der vier Klassen mit einem integrativen Ansatz gearbeitet. Noch namenlos hatte die Sekundarschule im September 2012 mit 110 Kindern den Betrieb der fünften Klassen aufgenommen. Sie wird in den nächsten Jahren den auslaufenden Schulbetrieb der Franziskus-Hauptschule übernehmen.

"Meine Schule ist die Straße" hatte Heinrich Böll sich gegen die Unterrichtsinhalte seiner eigenen Schulzeit aufgelehnt, die geprägt waren vom Nationalsozialismus in den Vorkriegsjahren. "Heinrich Böll steht für einen Bildungsauftrag, für Demokratie und Toleranz. Unser Ziel ist es, den Schülern das nötige Rüstzeug für eine gewaltfreie Gesellschaft mit auf den Weg zu geben und die Vielfalt als Chance und Bereicherung zu sehen", sagte Astrid Geschwind in ihrer Begrüßungsrede.

[kein Linktext vorhanden]Die Ministerin für Schule und Weiterbildung in NRW, Sylvia Löhrmann, wünschte der Schule, dass sie ganz im Sinne Heinrich Bölls, der sich eingemischt und für seine Ansichten gekämpft hat, ein Ort sein möge, um streiten zu lernen, sich zu freuen und zu feiern. Als Schirmherrin der Kampagne "Fairtrade Schools" hatte Sylvia Löhrmann die Ernennungsurkunde zur Fairtrade-Schule mitgebracht, die mit der Verpflichtung zu nachhaltigem Handeln verbunden ist.

Dabei gibt es nicht nur faire Produkte wie Kaffee und Kekse im Lehrerzimmer. Das Thema ist auch fester Bestandteil der Fächer Hauswirtschaft und Gesellschaftskunde. Der erste Jahrgang der Heinrich-Böll-Schule hatte sich in einer Projektwoche auf die Feier vorbereitet. Neben einer Ausstellung rund um Heinrich Böll und die Werte, für die sich der Literaturnobelpreisträger von 1972 eingesetzt hatte, hatten die Schüler in Gedenken an das "Irische Tagebuch" des Schriftstellers einen Tanz einstudiert und in verschiedenen Vorträgen die Gedanken Bölls mit ihrer Schule verbunden.

Zum Abschluss des offiziellen Teils der Gründungs- und Namensgebungsfeier pflanzten die Beteiligten im Schulgarten ein Zwetschgenbäumchen, das an den Tag erinnern soll.

Der Schriftsteller Heinrich Böll wurde 1917 in Köln geboren und lebte von 1982 bis zu seinem Tod 1985 in der Martinstraße in Merten. Zusammen mit seiner Frau Annemarie hat er seine letzte Ruhestätte auf dem alten Friedhof in Merten gefunden.

Der Schriftsteller erwähnte Merten in der Kurzgeschichte "Oblomow auf der Bettkante" (1985): "Der ärztlich verordnete Pflicht-Spaziergang vor oder nach der Arbeit? Wenn vor, wohin? Die große Runde bis an den Rand von Rösberg? Den Nonnenberg? Trippelsdorf? Friedhof? Oder nach Brühl in den Schlosspark? Falkenlust? Oder rauf auf die Mertener Heide? Beim Spaziergang kann ich auch richtig arbeiten, wenn auch nicht schreiben." Zu Bölls bedeutendsten Werken gehört "Die verlorene Ehre der Katharina Blum". 2010 verlieh die Stadt Bornheim ihm posthum die Ehrenbürgerschaft.

Die Sekundarschule Bornheim ist eine Ganztagsschule. Es kann sowohl der Hauptschulabschluss (auch mit Qualitätsvermerk) als auch der Realschulabschluss (Fachoberschulreife) erworben werden. Durch Kooperationen mit Berufskollegs und mit dem Alexander-von-Humboldt-Gymnasium sowie der Europaschule in Bornheim ist es zudem möglich, nach dem Besuch der Sekundarschule den Fachoberschulabschluss oder das Abitur abzulegen. Ab Klasse 9 werden in den Hauptfächern (Mathe, Deutsch, Englisch) Leistungsprofile gebildet. Der Unterricht orientiert sich an den Lehrplänen der Gesamt- und Realschule.

Besonderen Wert legt die Sekundarschule auf die individuelle Förderung der Schüler. Dazu gehört, dass es inklusive Klassen gibt, in denen auch Schüler mit Handicap unterrichtet werden