"Der Ausbau der S 13 bindet die Bundesstadt Bonn endllich besser an den Flughafen Köln/Bonn an", sagte Groschek. "Die Züge fahren in Zukunft häufiger, pünktlicher und sind schneller am Ziel. Das ist vor allem auch für den UN-Standort unverzichtbar. Der Lärmschutz wird für die Anlieger wesentlich verbessert und vom weiteren Infrastrukturausbau profitiert die ganze rechtsrheinische Region."

Durch den Ausbau auf drei beziehungsweise vier Gleise können Schienenpersonennahverkehr (SPNV) und Güterverkehr im rechtsrheinischen Bahnnetz weitgehend voneinander getrennt werden. Das ist notwendig, um den heute bestehenden Kapazitätsengpass aufzulösen und den rechtsrheinischen Regionalexpressverkehr zu beschleunigen.

Mit dem Bau des Halts in Bonn-Vilich wird die Umsteigebeziehung für Reisende vom Flughafen zum Bonner Hauptbahnhof gegenüber dem heutigen Umstieg am Bahnhof Bonn-Beuel erheblich verbessert. Der volkswirtschaftliche Nutzen des Vorhabens wurde im Rahmen einer gesamtwirtschaftlichen Bewertung auf aktueller Kostenbasis mit einem Nutzen-Kostenfaktor von 2,08 bestätigt.

Der Ausbau wird von Lärmschutzmaßnahmen über den gesamten Streckenverlauf flankiert. Die Anlieger der stark frequentierten rechtsrheinischen Bahnstrecke erhalten damit einen modernen Lärmschutz nach Lärmvorsorgekriterien. Insgesamt werden 15,5 km Lärmschutzwände gebaut.

Auch die Siegbrücke, auf der die Bahn die Sieg überquert, wird lärmschutztechnisch saniert. Die Haltepunkte werden barrierefrei ausgebaut und die Bahnsteighöhen angeglichen. Im Bereich des Haltepunkts Bonn-Vilich wird die S-Bahn-Strecke für die Umsteigemöglichkeit zur Stadtbahnlinie 66 auf einer Länge von rund 1000 Metern um bis zu eineinhalb Meter abgesenkt.

Erste Überlegungen zur S 13 wurden bereits in den 1990er-Jahren anlässlich des Raumordnungsverfahrens für die Schnellbahnstrecke (ICE) Köln-Frankfurt entwickelt. Außerdem haben das Land NRW und die Deutsche Bahn im Jahr 2000 die Planung und den Ausbau der Linien S 12 (Köln-Hauptbahnhof bis Blankenberg/Sieg) und S 13 (Köln-Hauptbahnhof über Flughafen bis Bonn-Oberkassel) vereinbart. Der Bau der S 12 ist abgeschlossen. Das Planfeststellungsverfahren für die S 13 hat zehn Jahre gedauert. Baurecht gibt es seit Ende 2013.

Die S-Bahn-Linie 13 verkehrt heute im 20-Minuten-Takt, allerdings nur im Abschnitt zwischen Köln-Hauptbahnhof über Flughafen Köln/Bonn bis nach Troisdorf. Die rechte Rheinstrecke zwischen Troisdorf und Bonn wird derzeit stündlich von zwei Nahverkehrslinien (RE 8 und RB 27, beide Linien verkehren zwischen Mönchengladbach und Koblenz) befahren. Zudem verkehrt auf dieser Strecke, die Teilstück des Güterverkehrskorridors Rotterdam-Genua ist, umfangreicher Güterverkehr.

Eine Verbesserung des Nahverkehrsangebots ist auf der heute nur zweigleisigen und stark ausgelasteten Strecke nicht möglich. Kernstück des Projekts ist deshalb der Bau von zwei zusätzlichen Gleisen östlich der bestehenden Strecke, wobei stellenweise nur das Erweitern auf ein Gleis erforderlich ist.

Durch die Trennung vom übrigen Verkehr kann die S 13 künftig einen dichteren Takt (werktags alle 20 Minuten) auf der gesamten Strecke zwischen Oberkassel und Köln fahren, ohne durchgehende Züge zu behindern. Durch den Bau zusätzlicher Haltepunkte (wie zum Beispiel in Bonn-Vilich) wird zudem der Nahverkehrsanschluss weiterer Stadtteile sichergestellt.

Die neuen Gleise werden überwiegend auf der östlichen Seite gebaut. Im Bereich zwischen den Bahnhöfen Friedrich-Wilhelms-Hütte und Menden entsteht der hier eingleisige Ausbauabschnitt auf der westlichen Seite. Damit die Auswirkungen auf die Nachbarbebauung möglichst gering bleiben, wird die bereits vorhandene zweigleisige Strecke umfassend umgebaut. Die Gleise werden beispielsweise an gleicher Stelle der bestehenden Trasse neu verlegt, dadurch kann die Bahn weitgehend auf eigenen Grundstücken verbleiben.

Aufgrund der Arbeiten an der heutigen Strecke sowie aus bau- und sicherheitstechnischen Gründen müssen teilweise die Strecke oder einzelne Gleise zeitweise gesperrt werden. Da nahezu zeitgleich der Ausbau der Bahnstrecke zwischen Oberhausen und Emmerich erfolgen wird, müssen beide Maßnahmen aufeinander abgestimmt werden, um den Bahnbetrieb in diesem Korridor gewährleisten zu können.

Das Vorhaben ist in drei Bauabschnitte eingeteilt: Der Abschnitt Nord reicht vom Bahnhof Troisdorf bis südlich der Überführung der Autobahn 59 über die Trasse der Deutschen Bahn. Der Bauabschnitt Mitte liegt vollständig im Bonner Stadtgebiet und erstreckt sich über Geislar, Vilich, den Beueler Bahnhof bis nach Limperich. Aus bautechnischer Sicht ist dieser Bereich der anspruchsvollste.

Der neue Haltepunkt Bonn-Vilich soll die S 13 optimal an die Stadtbahnlinie 66 anbinden und wird als Kreuzungshaltepunkt ausgebildet. Die Bahnsteige der Stadtbahnlinie 66 liegen direkt über dem Mittelbahnsteig der S 13 und sind über Treppen und Aufzüge verbunden. Der Bauabschnitt Süd umfasst Ramersdorf und Oberkassel.

Zwischen Troisdorf und Oberkassel kommen sowohl Schallschutzwände als auch das "Besonders überwachte Gleis" (BüG) zum Einsatz. Beim BüG überprüft ein Schallmesszug regelmäßig die Schienenoberfläche auf ihren akustisch relevanten Zustand. Dort, wo sich neben der Strecke Wohnbebauung befindet, entstehen fast durchgängig Schallschutzwände. Als zusätzliche aktive Maßnahme wird an der Siegbrücke eine Entdröhnung vorgenommen.

Hier sorgen zukünftig elastische Schienenlager für eine erhebliche Reduzierung des Lärms. An Gebäuden, an denen es zu Überschreitungen der Grenzwerte des Bundesimmissionsschutzgesetzes kommt, ist die Umsetzung passiver Maßnahmen vorgesehen. Das betrifft bei der Ausbaustrecke rund 12 000 Gebäude.

Die Gesamtkosten für die rund 13 Kilometer lange Strecke sind über die langen Jahre der Planung auf 502 Millionen Euro angestiegen. Davon entfallen rund 461,7 Millionen Euro auf die DB Netz AG, rund 40,2 Millionen Euro auf die DB Station & Service AG und 261 000 Euro auf die DB Energie GmbH. Das Land NRW beteiligt sich an diesen Kosten und zahlt 47,5 Millionen Euro. Die Finanzierung eines Großteils der Maßnahme erfolgt aus dem Nahverkehrsanteil der Leistungs- und Finanzierungsvereinbarung zwischen Bund und DB.

Baubeginn wird nach den Plänen der DB voraussichtlich Anfang 2017 sein. Es ist mit einer Bauzeit von zwölf Jahren zu rechnen. Nach Auskunft der DB soll die Strecke Ende 2028 fertig sein. Allerdings sollen die Züge im Abschnitt zwischen Troisdorf und Bahnhof Beuel schon Ende 2026 verkehren.

Die lange Bauzeit liegt den Angaben zufolge unter anderem darin begründet, dass "unter dem rollenden Rad" gebaut wird. Will heißen: Während der Bauzeit fahren die Züge nach Fahrplan. Das macht laut DB viele unterschiedliche Baustelleneinrichtungen und Bauphasen erforderlich.