Ratzinger begann seine akademische Laufbahn an der Rheinischen Friedrich-Wilhelm-Universität Bonn und lehrte als Ordinarius für Fundamentaltheologie an der Katholisch-Theologischen Fakultät. 1963 wechselte er als Dogmatiker nach Münster.

Der Titel seiner Bonner Antrittsvorlesung lautete: "Der Gott des Glaubens und der Gott der Philosophen." Der General-Anzeiger zitierte Professor Hans Waldenfels, den zweiten Nachfolger des neuen Papstes auf dem Bonner Lehrstuhl: "Für ihn ist es wichtig, den Menschen zu vermitteln, dass Gott sich in Jesus Christus offenbart hat." Dies sei auch in Ratzingers Antrittsrede an der Bonner Universität deutlich geworden. Waldenfels: "In Bonn hat sein Weg nach Rom begonnen."

Als der damals 32-jährige Professor von Freising kommend in Bonn eintraf, bezog er zunächst ein Zimmer im Collegium Albertinum, dem erzbischöflichen Theologen-Konvikt an der Adenauerallee 17-19. Sein Direktor Markus Hofmann sagte dem GA, man suche noch Kollegen oder Studenten, die sich an diese Zeit erinnern können.

"Sehr schöne und gute Erinnerungen" an Ratzingers "Bonner Jahre" hat Klaus Dick. Er war seinerzeit Studentenpfarrer in Bonn, kannte seinen "ganz liebenswürdigen Mitbruder" aber schon aus München. Der Kontakt zwischen den beiden Priestern sei nie abgebrochen, sagte Dick. "Fast familiär" sei es in der Wurzerstraße 11 in Bad Godesberg zugegangen, wo Joseph Ratzinger mit seiner Schwester Maria - sie führte ihm den Haushalt - von Juni 1959 bis 1963 wohnte.

Als Professor Ratzinger, der häufig in der Namen-Jesu-Kirche in der Bonngasse und in Sankt Augustinus in Bad Godesberg gepredigt hat, im Frühjahr 1963 Bonn verließ, schrieb der General-Anzeiger: "Für die Katholisch-Theologische Fakultät und noch mehr für seine Schüler, bei denen der scheidende Lehrer wegen seiner schlichten und menschlich gewinnenden Art besonders beliebt war, bedeutet der Wechsel Joseph Ratzingers nach Münster einen schweren Verlust."