"Wir kommen ohne die Sicherheitskooperation mit den USA auch im Geheimdienstbereich nicht aus. Punkt. Sie ist für uns essenziell", sagte der frühere Grünen-Politiker dem Magazin "Cicero". Fischer warf Kanzlerin Angela Merkel (CDU) in der Geheimdienstaffäre um den Bundesnachrichtendienst (BND) mangelnde Entschlossenheit vor. "Die Bundesregierung redet hier nicht Klartext."

Der einstige Vizekanzler der rot-grünen Koalition von 1998 bis 2005 hielt Merkel vor, in der Affäre nicht immer ehrlich aufgetreten zu sein. "Natürlich will man aus US-Sicht wissen, was Sache ist. "Ausspähen unter Freunden geht gar nicht", über so einen Satz lachen doch in Wahrheit beide Seiten", sagte Fischer. Nach Bekanntwerden der ersten Spionagevorwürfe hatte Merkel im Oktober 2013 jenen, bis heute häufig zitierten Satz gesagt, zu dem sie nach Angaben ihres Sprechers bis heute steht.